Précédées du tohu-bohu de l’exode, les troupes allemandes vont franchir le Jura, puis l’Ain en 4 jours. Le 21, les allemands buttent face à la résistance d’unités françaises installées sur la rive gauche du Rhône, sur le plateau de la Semine et sur Le Fort l’Écluse. Les artificiers français ont fait sauter des ponts, pas tous.
Les routes sont encombrées par l’exode des populations venues du Nord-Est. 15 000 véhicules, 150 000 civils et presque autant de militaires se dirigeant vers le Sud, passent à Arbois entre le 14 et le 16 juin. Les gares de Saint-Amour et de Mouchard sont bombardées. C’est la débâcle. La progression des troupes allemandes est rapide, elles entrent dans Dole le 16 juin, le 18 juin dans Lons-Le-Saunier, et le 19 juin elles sont à Saint-Claude.
Le 16 juin, Bourg est bombardée vers 16 h par trois avions ennemis. La douzaine de bombes lâchées vise nettement la voie ferrée et la gare. Les cibles touchées ont été principalement la Tréfilerie où un atelier est détruit, la maison Collomb rue Jean Jaurès, la maison Blanchet faubourg de Lyon, les ateliers Terreau et Blanchet à l’angle de l’avenue du Mail et de la rue de la Citadelle.
Le bilan de ce bombardement est de 13 morts : 6 militaires, 5 civils et 2 personnes non identifiées. Près de 25 blessés légers ont été soignés (Le Journal de l’Ain, 26 juin 1940). Après cet épisode meurtrier, la ville se vide de la moitié de sa population. L’exode des civils est suivi de celui des militaires, contraints d’évacuer vers le centre et le sud de la France.
Le 19 juin 1940, le préfet de l’Ain déclare “Bourg ville ouverte”. Les Allemands sont entrés dans Bourg-en-Bresse ce mercredi vers 9 h du matin. Ils ne font que passer sans occuper massivement les lieux. Aucun incident n’a été signalé. L’effectif estimé des Allemands et de 1200 à 1500 hommes. La colonne se scinde en deux: une partie va en direction de Pont d’Ain, Ambérieu et Belley, l’autre en direction de Nantua et Bellegarde.
Le même jour, annoncées par une chaîne téléphonique des postières, les troupes allemandes investissent Oyonnax à 11:40 h.
Nantua est aussi atteint vers 13h par un groupe de la 1ère division de montagne qui arrive par Saint-Germain de Joux. Ce dernier va cantonner à Saint-Rambert pour mieux rebondir, passant par Virieu le Grand, sur Culoz et Belley qu’ils atteignent le 21.
A Lyon, les Allemands arrivent ce même jour à 15 H:45, la déclaration de “Lyon ville ouverte” ajoute à la pagaille régnante.
Des éléments des blindés de Guderian sont venus par la route de Bourg et d’autres de Pont d’Ain. Ce sont ces éléments précurseurs qui sont reçus officiellement à la Croix-Rousse par les représentants des autorités et conduits à la préfecture. 6 personnalités sont alors prises en otage en gage du bon respect du statut de “ville ouverte”.
Le même jour les Allemands sont à 15h30 à Lagnieu.
Lyon étant déclarée “ville ouverte”, le groupe Groupement Cartier doit se replier après de durs combats dans le département de l’Isère à Chasselay.
Dans la soirée du 20, Olry fait sauter les ponts. Malheureusement, au nord des Alpes, la région de Seyssel et Culoz est maintenant sous le contrôle du 2e groupe d’armées, en pleine débâcle, et les mêmes consignes ne sont pas appliquées.
Malgré la résistance de quelques éléments, comme le vieux Fort l’Ecluse, le groupement A du XVIe Panzerkorps du général Erich Hoepner composé pour l’essentiel d’éléments de la XIIIe division motorisée, parti de Bourg-en-Bresse, occupe Aix-les-Bains le 23 juin.
Le groupement B (IIIe panzer) est stoppé à Vorrepe à une douzaine de kilomètres de Grenoble durant deux jours par l’artillerie française du général Georges Cartier. Il lui inflige de très lourdes pertes les 23 et 24 juin. Le feu nourri de deux batteries de 75 et huit pièces de 47 de marine installées sur les deux rives de l’Isère bloque les blindés allemands. Une colonne motorisée allemande tente une manœuvre de débordement par le nord en enlevant le col de la Placette, mais reste bloquée dans sa progression vers Voreppe.
La bataille des Alpes prend fin avec l’armistice le 24 juin signé entre la France et l’Italie.
Les armées allemandes et italiennes n’ont pu faire leur jonction comme le souhaitait Mussolini.
L’armistice en vigueur à partir du 25 juin à l’aube, apporte une conclusion à cette bataille de Voreppe qui a le mérite dans un ultime sursaut, de permettre à la ville de Grenoble d’échapper à l’invasion.