Du 11 au 21 juillet 1944 Lavancia eut à subir la deuxième occupation allemande : ce fut pour son plus grand malheur.
En effet, dans la nuit du 11 au 12 et pendant toute la matinée du 12 juillet 1944, ce pays devint un véritable champ de bataille entre troupes F.F.I. (Forces françaises de l’intérieur) et troupes allemandes.
Ces dernières, arrêtées un instant par plusieurs barrages rencontrés sur la route nationale de Jeurre à Dortan, installèrent leur artillerie sur les bords de la Bienne non loin de l’usine électrique Vuitton et commencèrent le bombardement de Lavancia et de Rhien (section de Lavancia).
Au matin du 12, vers 8 h 30, une des premières bombes envoyées incendia la gare de Dortan – Lavancia. D’autres bombes et obus suivirent, démolissant et incendiant quelques maisons tant à Lavancia qu’à Rhien.
Puis, après avoir ainsi bombardé le pays, les hordes sauvages ayant franchi tous les barrages s’élancèrent en furie sur les deux petits villages en faisant pleuvoir de leurs fusils des balles et menaçant ou brutalisant les quelques personnes présentes qui n’avaient pas pu ou n’avaient pas voulu s’enfuir pour se cacher dans les bois.
Et aussitôt de briser, de piller et de mettre le feu aux maisons que les bombes n’avaient point démolies ou incendiées.
Un jeune homme, Trêve Henri, ayant pris la fuite à travers prés et bois, eut la malchance de se faire surprendre et arrêter à Vaux-les-Saint-Claude. Il fut vu à Dortan une dernière fois le 13 ou le 14 juillet ; depuis on est sans nouvelles de lui ; on le suppose déporté en Allemagne.
Le 29 juin 1945 j’ai appris par ses parents adoptifs qu’il avait été effectivement emmené en Allemagne où il est décédé de la dysenterie le 1er janvier 1945.
A Lavancia, le seul homme, Vincent Marcel, qui n’avait pas fui, fut arrêté, brutalisé, emmené à une centaine de mètres de son domicile, puis fusillé et abandonné.
Une vieille personne, Herminia Olive fut atteinte mortellement, assise dans sa chambre, par une balle qui fortuitement traversa la fenêtre.
A Rhien, une veuve de 67 ans, Gay Octavie, quittant sa maison marquée par le feu, fut lâchement arrêtée et fusillée dans la rue parce qu’elle voulut reprendre, alors qu’un soldat venait de le lui arracher, le sac à main contenant ses maigres économies.
Les corps de ces victimes ne purent être inhumés que quelques jours après le départ des ennemis.
Peu s’en fallut qu’il y eut encore deux autres morts à déplorer. Madame Cursat, pour emporter son tout jeune enfant qui allait être la proie des flammes, a été brutalisée ; elle fut même mise en joue par un soldat. C’est presque par miracle et grâce à son courage et à son sang-froid que cette mère et son enfant furent sauvés.
De Lavancia et de Rhien il reste seulement trois maisons épargnées par le feu ou les bombes.
L’église aussi est restée indemne ; mais comme elle était fermée à clef, l’ennemi a enfoncé un vitrail afin de pouvoir y pénétrer à l’aide d’une échelle. Rien cependant n’y a été pillé. Le calice qui était déposé dans une maison ainsi que l’ostensoir et le ciboire cachés dans une autre n’ont pu encore, à l’heure actuelle, être retrouvés. Ces vases sacrés ont-ils été pris par l’ennemi ? Ou bien sont-ils sous les décombres, abimés par le feu ? On l’ignore.
Ce qui fut, avant le 12 juillet, le village de Lavancia, est devenu en quelques heures un monceau de ruines.
Des pans de murailles calcinées, des portes et des fenêtres béantes, des machines agricoles et ustensiles de cuisine tordus par le feu.
Presque partout un morne silence, la plupart des habitants sans toit s’étant expatriés : voilà la triste vision. Le passant qui vient de le constater s’en va le cœur serré en disant : des vandales et des barbares ont passé là.”
Vaux-les-Saint-Claude, le 5 septembre 1944.
Après la guerre, le village sera reconstruit sur un nouvel emplacement, privilégié en raison d’une situation géographique plus favorable.
L’ancienne église, trop éloignée du nouvel emplacement, est abandonnée. La commune, qui ne peut financer la construction d’un nouvel édifice, profite d’un don effectué par les organisateurs d’une exposition internationale du bois, qui se tient en 1951 à Lyon. Cette église est alors démontée, transportée à Lavancia, elle est reconstruite au centre du nouveau village.