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A l’intérieur de la « zone occupée » est instaurée une « zone interdite ». Cette dernière épouse le territoire de l’ancienne Lotharingie, elle prépare ainsi une future annexion en restaurant les frontières du premier Empire allemand. Une ligne sépare la « zone interdite » de la « zone occupée », la « ligne Verte » pour les allemands, ou « ligne Nord-est » plus communément pour les Français.
Dans le département du Jura, ces « lignes » se rejoignent au confluent du Doubs et de la Loue. Elles délimitent une « zone interdite » au nord et à l’est couvrant les 2/5 émes du département, une « zone occupée » réduite autour de Tavaux à l’ouest et enfin une « zone dite libre » au sud.
La « ligne Nord-est» provoque un tel désordre économique et de telles difficultés à contrôler cette « frontière », que les Allemands retireront les postes de garde le 18 décembre 1941.
Depuis ce confluent du Doubs et de la Loue, ces lignes se confondent, elles suivent ensuite La Valserine, jusqu’à Bellegarde (qui reste en zone libre) puis le Rhône jusqu’à son entrée en France à Pougny. Elles laissent le pays de Gex et le premier pli Est de l’Ain en « zone interdite ».
La surveillance de la « ligne de démarcation » sera abandonnée le 1er mars 1943, quatre mois après l’invasion de la zone Sud.