En septembre 1942 un Kommando spécial de la Sipo SD s’installe en zone libre à Lyon.
Les SS installés au Casino de Charbonnières vont rapidement se mettre à traquer les opérateurs radio résistants et recenser les juifs de la région.
C’est à cette période que se prépare l’invasion par la Wehrmacht de la zone Sud. La Gestapo arrive alors à Lyon, elle installe son quartier général à l’hôtel Terminus derrière la gare de Perrache.
Divisé en plusieurs sections, la Gestapo s’installe aussi place Bellecour et à l’école de Santé Militaire, avenue Berthelot. Le commandement régional de Lyon couvre les départements du Rhône, de la Savoie, de la Haute-Savoie, de la Loire, de la Drôme et l’Isère et d’une partie de l’Ain.
Sur les six sections de Lyon, une d’elles, la IVéme présente un danger plus particulier pour les juifs français et étrangers, elle est dirigée par Klaus Barbie. La section IV est chargée de la répression contre « les ennemis de l’État ».
C’est encore la section IV qui s’occupe de traquer les juifs et les résistants, celle qui torture, celle qui déporte. Dans la section IV on trouve aussi le contre-espionnage, le service du renseignement et de la manipulation des agents.
Si le Docteur Knab est le responsable hiérarchique du KDS de Lyon, la Gestapo de Barbie jouit d’une grande autonomie, spécifiquement en ce qui concerne la traque des résistants et les « affaires juives » en général. Barbie recoit certaines missions de Knab mais le plus souvent, directement du Général Oberg à Paris à qui il rend personnellement compte de ses opérations.
Les ordres que reçoit Barbie sont clairs, d’un côté il doit protéger la Wehrmacht contre les actions de la Résistance, de l’autre il doit participer à la mise en œuvre de la « Solution Finale » sous l’autorité d’Adolf Eichmann.