C’est suite à un vol de denrées alimentaires, opéré par la résistance dans la nuit du 30 janvier dans l’ancienne coopérative des chemins de fer, que les occupants Allemands lancent une vaste opération de représailles sur Ambérieu et ses environs.
Le 2 février, ils perquisitionnent le commissariat de la cité ambarroise dans le but de trouver des documents relatifs aux communistes du coin. Ils arrêtent d’abord Georges Putod, le gardien de la paix d’Ambérieu, soupçonné de servir d’agent de liaison à la cellule communiste locale. Déporté, il mourra à Mauthausen.
Le 5 février c’est ensuite la grande offensive contre les maquis de l’Ain par les Allemands aidés de miliciens : l’opération Korporal.
Nœud ferroviaire important, Ambérieu est placé sous haute surveillance par les Allemands qui décrètent un couvre-feu de 18h30 à 7h30, pendant que les maquis se font attaquer de toutes parts.
Ce même jour, Jean Emery, le chef de gare soupçonné d’être un agent de renseignement, est arrêté. Lui et son second sont déportés. Jean Emery passera par le camp d’extermination d’Auswitch et les camps de concentration de Buchenwald et Flossenburg, avant d’être abattu dans la forêt de Marienburg.
A Ambérieu une rue portant son nom et une plaque posée sur la façade de la gare lui rendent hommage.
Puis les arrestations s’enchaînent pendant la première semaine de février 1944 à Ambérieu, jusqu’au 8 et la rafle des Allymes, la plus importante rafle qu’a connue la ville en une seule journée. Ce jour-là, les Allemands se rendent aux hameaux de Brey-de-Vent et des Allymes pour réaliser un important coup de filet chez les Ambarrois soupçonnés de faire partie de la résistance.
Aux Allymes, ils arrêtent trois des cinq frères de la famille Tenand : Aimé, André et Albert. Bernard, le plus jeune, est à l’école et René échappe à la rafle en se cachant.
Les Allemands arrêtent ensuite Robert Blanc, Emile Humbert, l’instituteur Georges Sallaz, ainsi qu’un émigré polonais, Roméo Crézinski, beau-frère d’un Polonais résidant à Brey-de-Vent qui lui a pu se cacher. Tous sont déportés.
Des victimes de la rafle des Allymes, seuls Georges Sallaz et Roméo Crézinski sont revenus vivants de déportation, tous les autres sont morts au camp de Mauthausen en 1945. Aujourd’hui une stèle commémore la rafle des Allymes du 8 février 1944 au hameau.
Au total pendant la seconde guerre mondiale, 53 habitants du canton d’Ambérieu ont été déportés, dont 39 originaires de la ville. 25 de ces Ambarrois sont revenus vivants des camps d’Europe de l’est et d’Italie. Les 14 autres sont tous morts en déportation : Georges Putod, Jean Emery, Emile Humbert, Robert Blanc, Albert, Aimé et Henri Tenand, mais aussi Maurice Buisson, Henri Lelong, Charles Moly, René Morand, Robert Passin, Georges Poncet et Jacques Vandendriesche. Les Ambarrois aussi ont payé leur tribut à la guerre.